El trabajo de postgrado del CENPIS se centra principalmente en la maestría en Ingeniería Biomédica (actualmente culminando su primera edición) con una versión en Cuba, otra en Venezuela. Además un diplomado de Neuropsicología Cognitiva, entre otros cursos impartidos por profesores del CENPIS. Se han defendido un total de 11 Tesis de Máster en Ingeniería Biomédica.
Desde la fundación del centro se han tutorado y defendido 5 Tesis de Doctorado, de ellas 4 nacionales y una en el extranjero. Las tesis en cuestión son:
1. “Contribución a la cronometría del ciclo cardíaco mediante el ECG y el PCG”. MSc. Ing. Fernando E. Valdés Pérez. CENPIS, Universidad de Oriente. Fecha: 8 de Enero de 2010. 2. “Estrategia de estimulación estocástica de baja velocidad para implantes cocleares”. MSc. Ernesto A. Martínez Rams. Facultad de Ing. Eléctrica, Universidad de Oriente. Fecha: 8 de Enero de 2010. 3. “Análisis acústico del llanto del niño recién nacido orientado al diagnóstico de patología en su neurodesarrollo debido a Hipoxia”. Ing. Daniel I. Escobedo Beceiro. CENPIS, Universidad de Oriente. Fecha: 18 de Febrero de 2010. 4. “Propuesta de métodos para la estimación del ángulo de la rodilla en la detección de la intención de movimiento”. MSc. Alberto López Délis. Centro de Biofísica Médica, Universidad de Oriente. Fecha: 1 de Septiembre de 2011. 5. “Desarrollo de métodos de procesamiento e inteligencia computacional en el ECG ambulatorio”. MSc. João Evangelista Neto. Universidad Federal del Pará, Belém, Brasil. Fecha: 26 de Abril de 2012.Desde Junio de 2010, en el Acuerdo 36.377.10 de la Comisión Nacional de Grados Científicos, a propuesta del CENPIS a la comisión nacional, se cuenta con la especialidad y programa para la realización del doctorado en Ingeniería Biomédica.